Para estudiar las numerosas especies de seres vivos ha sido necesario ordenarlas en grupos. Se puede decir que el estudio moderno y sistematizado de los seres vivos comenzó en el siglo XVIII, con las ideas de Linneo, que estableció agrupaciones jerarquizadas, o taxones de seres vivos, y quien propuso la nomenclatura binominal para nombrar a las diferentes especies. La teoría de la evolución de Darwin obligó a replantearse los criterios de clasificación de los seres vivos, incorporando parámetros evolutivos.
El método de clasificación establecido por Linneo utiliza la especie como unidad básica. Además definió los taxones, unidad de clasificación o agrupaciones jerarquizadas de los seres vivos. Los diferentes taxones aceptados en la actualidad son, de menor a mayor: la especie, el género, la familia, el orden, la clase, el phylum y el reino. Un taxón de una categoría superior incluye uno o más taxones de categoría inferior. Así, varios géneros similares se pueden agrupar en una familia; varias familias, en un orden; y varios órdenes, en una clase. El taxón superior es el reino que contiene todos los tipos que poseen un mismo patrón de complejidad estructural. Por último, propuso la nomenclatura binominal.
La parte de la Biología que define en taxones a los seres vivos se denomina taxonomía, y la que estudia la agrupación y jerarquización de estos taxones se llama sistemática.
Linneo estableció una clasificación de los seres vivos un siglo antes de que Darwin formulara su teoría de la evolución (ver t12). Por tanto, consideraba que cada especie era inmutable y un producto de la creación divina. La clasificación tradicional, heredada de Linneo, no está basada en criterios evolutivos.
Las ideas de Darwin tuvieron una repercusión inmediata en los científicos dedicados a la sistemática. Era necesario reflejar en los sistemas de clasificación las relaciones evolutivas entre especies. El principal problema consiste en la elección de los caracteres cuya comparación ha de servir para determinar la clasificación del organismo. Necesariamente las características elegidas han de ser significativas en la historia evolutiva del grupo al que pertenece el organismo.
Se han propuesto distintos métodos para hacer más objetivas las clasificaciones, pudiendo destacar entre ellos:
Hasta mediados del siglo XX, la mayoría de los biólogos se limitaba a dividir el mundo de los seres vivos en dos reinos: el de las plantas y el de los animales. Sin embargo, muchos sistemáticos observaron que ciertos organismos, como las bacterias y los hongos, diferían más de las plantas y de los animales de lo que lo hacían estos dos últimos reinos entre sí.
Ernst Haekel (1834-1919) hizo varias propuestas para la creación de un tercer reino, los protistas, separando de las plantas y los animales a los organismos más primitivos, lo que implicaba aceptar que los organismos superiores habían evolucionado a partir de los antecesores protistas.
Posteriormente, como consecuencia de los avances técnicos, sobre todo en bioquímica y microscopía, se fueron revisando las clasificaciones anteriores, hasta llegar a la propuesta por Lynn Margulis, que estableció cinco reinos:
Los virus se encuentran en la frontera entre materia viva y materia inerte.
Los cinco reinos de seres vivos.
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