Los ríos
En Euskadi existe una Red de Vigilancia de la Calidad de las Aguas y del Estado Ambiental de los Ríos, desplegada por todo el territorio y en la que se toman muestras periódicas.
En los últimos años se ha incrementado el control de vertidos a las aguas. Aunque a día de hoy la mayoría de los municipios urbanos vascos disponen de algún sistema de depuración y saneamiento de aguas domésticas, para el año 2005 el objetivo es lograr que todas las poblaciones de más de 500 habitantes dispongan de estos medios.
En cuanto a la calidad del agua de nuestra Comunidad Autónoma, la mayoría de las cabeceras de sus ríos presentan muy buenas condiciones, aunque el agua se va degenerando según discurre por zonas pobladas o industriales.
Los registros efectuados señalan que un 30% de las aguas pueden calificarse de buenas o muy buenas y un 6% de los tramos fluviales pueden ser utilizados para el baño. Por lo que respecta a las aguas subterráneas, su calidad es bastante buena y casi toda se dedica al consumo humano.
Las principales amenazas a la calidad de las aguas de Euskadi son:- Los elevados costes de las infraestructuras de saneamiento que exige la normativa comunitaria.
- La contaminación procedente de algunos suelos.
- La agresión originada por el uso intensivo de fertilizantes y pesticidas.
- Los vertidos incontrolados.

Tramos de los ríos
- Desde su nacimiento hasta la desembocadura, las características físicas del río (anchura, profundidad, naturaleza del lecho o velocidad de la corriente) varían y condicionan la vida animal y vegetal de sus aguas y riberas.
- Los primeros tramos del río suelen presentar una gran velocidad de la corriente, y una profundidad y anchura reducidas, con una cobertura vegetal que proporciona buena sombra y mantiene el agua fresca. Todo ello determina que las aguas del río estén bien oxigenadas, permitiendo la vida incluso a los organismos ecológicamente más exigentes.
- En los tramos del río situados aguas abajo, la amplitud del río es menor, la masa vegetal de las riberas difícilmente proporciona umbría al cauce y la velocidad del río disminuye considerablemente. En estas condiciones el río aumenta su temperatura y muestra concentraciones de oxígeno menores, dificultando la vida en su seno.
